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ヒトゲノム


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前の投稿 - 次の投稿 | 親投稿 - 子投稿.1 .2 .3 .4 .5 .6 .7 .8 .9 | 投稿日時 2013/8/15 20:24
ゲスト 
こんばんは、失礼します。
wikiは「ヒトゲノムは、その名の通りヒト(Homo sapiens)のゲノム、すなわち、遺伝情報の1セットである。ヒトゲノムは核ゲノムとミトコンドリアゲノムから成る」と概略を展開してます。もう少し補足するとヒトゲノムはおよそ31億塩基対のDNAにコードされる情報を持っているわけです。
wikiはこの項目が弱いので解り易い専門書の「ゲノムでわかることできること」(水島・菅野純子、羊土社、2001年、2900円)から引用します。
ヒトゲノム解読はは国際共同研究チームとアメリカのセレラジェノニックス社の競争の中で行われ、2001年にその概要が公開されて水島・菅野先生の本が出たわけですが、2003年に国際共同チームが精度を高めて再発表してますので多少の修正が必要になります。
「さて、”ゲノム”とは一体何なのだろうか?簡単いうと”生命の設計図”すなわち、”遺伝子の総体”で生物の全遺伝子情報が書き込まれている1セットの文字列のことである。その実体はDNA(deoxynbinucleic acids デオキシリボ核酸)でヌクレオチドがつながったものである。ヌクレオチドはデオキシリボースと呼ばれる糖とリン酸、塩基からなる。各ヌクレオチドに含まれている4種類の塩基アデニン(A)グアニン(G)、シトシン(C)、チミン(T)が文字にあたり、これがどのような順番で並んでいるか(塩基配列)によって遺伝子情報が表されている」。

ところで、セレラ・ジェノミックス社はアメリカのメリーゴーランド洲にあるバーキンエルマー社傘下のベンチャー企業で閉鎖的であるという批判があるようです。
更に進むには以下の本が良いようです。試し読みもできます。
http://www.amazon.co.jp/gp/product/4758109281/ref=pd_lpo_k2_dp_sr_1?pf_rd_p=466449256&pf_rd_s=lpo-top-stripe&pf_rd_t=201&pf_rd_i=4897062705&pf_rd_m=AN1VRQENFRJN5&pf_rd_r=0D0REWE3CPPHQ3F09DSW
既にこの本の情報にもお世話になっています。
「ヒトゲノム」の表は下記の京都大学のものがわかりやすく親切だと思います。
http://www.lif.kyoto-u.ac.jp/genomemap/
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前の投稿 - 次の投稿 | 親投稿 - 子投稿.1 | 投稿日時 2013/8/16 19:20
ゲスト 
引用した本に興味を引くコラムがありました。「遺伝子導入および改変の問題点・・天才マウス、ドギーの悩み--あちらを立てればこちらが立たず」
「・・マウスでは研究目的から遺伝子の改変は日常的に行われていることである。天才マウス、ドギーは、神経伝達物質通常の2倍にすることで人為的に作成された、マウスもうらやむ学習(記憶)能力の高いマウスだが、以外になことに痛みの継続時間が長く、なかなか痛みが消え去らないとという思わぬ負の側面を抱えていることがわかった(2009年9月、米プリンストンのチームによる)。研究上では、痛みのメカニズムを知る上で面白い現象であるが、マウスにしてみればたまったものでない。「頭は良くなりたいけど痛いのは嫌だ」とマウスなりに思ったであろう。このように、ドギーの例から
、人間の記憶力や知力を向上させることの可能性が示唆されはしたが、遺伝子に改変を加えると予期せぬ作用が現れうることの実例となっている。」(「ゲノムでわかること、できること」P134)。
***
このコラムはもとの論文を解釈しているので、わかりにくいが、マウスの海馬に操作を行うとその働きがよくなり、神経系が発達するとかいう内容の下記のものだと思います。
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC37526/
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前の投稿 - 次の投稿 | 親投稿 - 子投稿なし | 投稿日時 2013/8/16 19:28
NTL  常連   投稿数: 114
投稿名がゲストになってしまった。コラムの中の年号は2000年9月の間違いです。
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前の投稿 - 次の投稿 | 親投稿 - 子投稿なし | 投稿日時 2013/8/17 15:47
NTL  常連   投稿数: 114
文中では概要版で終わってますが、京都大学のサイトにあるように現在、ゲノムの完全解読が終っています。
http://www.bioportal.jp/ja/Column/2006/01/post_27.html
***
 1991年にはじまったヒトゲノム計画は、2001年2月の概要版発表、2003年4月の解読完了宣言を経て、2004年10月に完成版の論文発表が出され、最初のゴールに到達しました。日本チームの一員として、21番染色体や11番染色体の解析に携わった北里大学の服部正平先生(現職)にお話を伺いました。(インタビューは2005年におこなわれました)


どのようにして完全解読に至ったのでしょうか?

 概要版では、遺伝子が多く存在するとされる真性クロマチン領域の約90%が解読され、その解析からヒトの遺伝子が3万から4万個ではないかと推定されました。塩基配列データの精度そのものは99.9%でしたが、全ゲノムの約10%にも相当する15万か所のギャップを残しており、完成からはほど遠いものでした。
 その後、2003年のはじめに真性クロマチン領域の95%で配列が決定され、その精度も99.99%以上に達したため、国際コンソーシアムによる「完成配列の定義」にしたがってヒトゲノム解読完了が宣言されたのです。その後、1年半をかけて、さらに全ゲノムの4%分に相当する真性クロマチン領域の解読、決定配列の精査、未知遺伝子の探索などが行われ、2004年10月の最終論文発表(Nature誌)に至ったのです。・・
***
完成とはいえ、まだ、僅か不明なところがある上、個人間でどのくらい違うかと言った課題が残されているわけです。
+++
蛇足
量子テレポーションの完成と合わせて、想像すると量子コンピュターを用いて全身をスキャンし、量子単位に転換すれば100万光年先でもあっという間に転送ができるわけですが・・。
100%でないと違う人間になっていたりして大きいトラブルが待っているような気もします。
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前の投稿 - 次の投稿 | 親投稿 - 子投稿なし | 投稿日時 2013/8/17 16:20
NTL  常連   投稿数: 114
癌と加齢については密接なつながりがあることはよく読みますが、それに対する本格的研究もなされているようです。
東北大学加齢医学研究所 加齢医学研究拠点
http://www.idac.tohoku.ac.jp/ja/activities/research/Dyn_prot/
順天堂大学にも加齢制御医学の講座があるようです。
http://www.juntendo.ac.jp/graduate/laboratory/labo/karei_seigyo/
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前の投稿 - 次の投稿 | 親投稿 - 子投稿なし | 投稿日時 2013/8/17 16:54
NTL  常連   投稿数: 114
DNAのデータベースであるが、京都大学のものは紹介しましたが、やはり日本語で検索するにはいろいろな条件検索の可能なDDBJのものが便利です(世界の三本指)。
http://www.ddbj.nig.ac.jp

ウィキより
http://ja.wikipedia.org/wiki/DDBJ
DDBJ(日本DNAデータバンク、DNA Data Bank of Japan)は、日本の国立遺伝学研究所(静岡県三島市)が作成しているDNAの塩基配列の配列データベースである。
International Nucleotide Sequence Database Collaboration (ISNDC)のメンバーであり、アメリカ合衆国のNCBIが提供するGenBank、および、ヨーロッパのEBIが提供するEMBLとの密接な連携のもと、「DDBJ/EMBL/GenBank 国際塩基配列データベース」を構築している三大国際 DNAデータバンクのひとつである。

データはすべて無料で公開されており、データベースの検索は、テキスト全文検索や生物名や各項目に対象を分けてできる検索などのkey wordによる検索の他、BLASTによるDNA配列やアミノ酸配列に対する相同性検索が可能である。また、ClustalWによる系統樹の計算と作成ができるサービスも行っている。 近年は、同じ情報・システム整備のライフサイエンス統合データベースセンター(DBCLS)と連携してサービスを提供している。
***
ただ、私の環境からだと時々、検索ことが出来なきないことがあります。渋滞しているのだと思います。親のトピックスには入れませんでした。
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前の投稿 - 次の投稿 | 親投稿 - 子投稿なし | 投稿日時 2013/8/17 17:32
NTL  常連   投稿数: 114
少し最初に紹介した本からDNAについて引用してみます。
**
DNAはデオキシリボ核酸という化学物質である。すなわち、物質名であるわけだが、構造として糖とリン酸と塩基からなる化合物であり、科学的に合成することができる。では、化学合成によってつくられたDNAはゲノムなのだろうか? 遺伝子なのだろうか? それが遺伝子の配列順序を持つものであればそれは遺伝子といえる。また、DNA合成技術が発達し全ゲノムが解読された後、合成できるとすればそれはゲノムかもしれない、しかし、生体内のゲノムDNAはメチル化などの修飾がほどこされるため単にDNAを合成しただけではゲノムとしての機能を果たさない。ただ、遺伝子部分のみを化学合成し、それをはつげんすることは可能である。
多くの場合、”遺伝子”という用語は先に述べた「プロモーターの支配下におかれ、たんぱく質として(あるいはRNAとして)発現するDNA上の1ユニット」という定義で用いられており、本書でもこの定義で用いる(「ゲノムでわかることできること」P19)。
***
DNAとゲノム、遺伝子の語彙の解説部分まで引用した。
DNA3Dモデル(wiki)
http://ja.wikipedia.org/wiki/%E3%83%87%E3%82%AA%E3%82%AD%E3%82%B7%E3%83%AA%E3%83%9C%E6%A0%B8%E9%85%B8

作成法
http://contest.japias.jp/tqj2010/120160/dna08.html
論文(日本語)
読みやすいもの
http://lifesciencedb.jp/dbsearch/Literature/get_pne_cgpdf_old.php?year=2003&number=4805&file=DWzcpuOXNbmiZ9NS8Z8YFw==
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前の投稿 - 次の投稿 | 親投稿 - 子投稿なし | 投稿日時 2013/8/17 18:02
NTL  常連   投稿数: 114
よくわからないと言う方は下記の高校までの遺伝子についての知識を入れましょう。
http://contest.japias.jp/tqj2010/120160/top.html
私も高校生物ではメンデルの遺伝法則までしか習いませんでした。高校の先生は「最近は、DNA(デーエヌエーと発音していた)とかいう新しいものがでたが、わからないさ。教科書どおりでいいでネカ」と訳のわからない説明をしてました(だから千葉県は生徒は一流、先生は三流というPTAの意見もある(~~);;失礼しました)。
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前の投稿 - 次の投稿 | 親投稿 - 子投稿なし | 投稿日時 2013/8/17 18:16
NTL  常連   投稿数: 114
私の書き込みも必要なところまできたので書いておきます。
欧米の多くの人はキリスト教徒でその中にはヒトゲノム、ゲノム、遺伝、進化論を否定される方々がいることは周知だと思います。神は創造のとき、自己に似せて完全な形で人間をおつくりになった、という創世記解釈に寄ります。とくそうした人々はバイオエシックスを強調されます。
まず、wikiから引用します。
http://ja.wikipedia.org/wiki/%E7%94%9F%E5%91%BD%E5%80%AB%E7%90%86%E5%AD%A6
バイオエシックス
生命倫理学(せいめいりんりがく)とは、生命に関する倫理的問題を扱う研究分野。生物学、医学、薬学、政治学、文化人類学、法学、哲学、経済学、社会学、心理学、宗教学など様々な分野と関連がある。ヒトの生命すなわち人命に限らず、動植物など全ての生命体を対象とする。ただし医学的な側面が強調されることが多い。
原語の「バイオエシックス」(bioethics) という言葉は、「生命」を意味する「バイオ」と「倫理(学)」を意味する「エシックス」を結びつけた言葉で、ガン研究者のポッター (Van Rensselaer Potter) が、「生存の科学」(the Science of Survival) としての「バイオエシックス」を提唱した。1970年代初めにアメリカで使われ出し、元来の意味から離れて広まっている
***
他の項でバイオエッシクスの本は紹介します。
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前の投稿 - 次の投稿 | 親投稿 - 子投稿なし | 投稿日時 2013/8/19 7:16
NTL  常連   投稿数: 114
おはようございます。次の連休まではニュースや健康コラムを中心に書いて行きたいと思います。どちらかというと私も解りやすく書いたものをROM したいのたが。最近は少し前と異なりみんな追われている訳ですね。集中タイプのサイトが流行らなくなったのでなく、全体的にみな追われているかも知れない。若年層が減り学生は少なくという訳でしょうか。
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前の投稿 - 次の投稿 | 親投稿 - | 投稿日時 2013/8/19 7:31 | 最終変更
NTL  常連   投稿数: 114
私は今まで最初の大学の頃を除いて、病院に通ったことがないのですが、色々守っている習慣があります。医学、特に免疫系や健康本を読みとる。毎朝、ストレッチをし、出来るだけジョギングした利、自転車にのる。ニンニクや生姜、ネギをとる。夏休み前に多少腰痛になったのですが、生姜を多少採ったら治りました。冷え込みですね。どれが効くというのは一定でありません。薬と同じかも知れません。今年は寝るときにエアコンが必要で・(^^;
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前の投稿 - 次の投稿 | 親投稿 - 子投稿.1 | 投稿日時 2013/9/24 0:29 | 最終変更
NTL  常連   投稿数: 114
引用:

NTLさんは書きました:
順天堂大学にも加齢制御医学の講座があるようです。
http://www.juntendo.ac.jp/graduate/laboratory/labo/karei_seigyo/
最近、ここの研究者が書かれた解り易い本を見つけました。
「長寿遺伝子をオンにする生き方」(白澤、青春新書、2009年)
私たちは何かと映画「エリジウム」に出てくる「細胞再生装置」のような短略的なものを求めがちですが、現在できるのは良い生活習慣(食生活、睡眠、運動)を見に付けることのようです。習慣というのは「7つの習慣」(コーヴィ)でも周知のように実務的な成功にも大切なものですが・・。
***
「まず、老化という現象を細胞レベルで見ていきましょう。我々の体内の細胞には「テロメア」というものがあります。電子顕微鏡でみるような世界なので、イメージしづらいと思いますが、これは染色体の末端にキャップのようにくっついて、DNAをまもる役割を果たしている構造体です」(P22)。
これが年とともに短くなることが確認されていて、老化の一因とされています。
また「・・わたしたちの細胞の中には『長寿遺伝子』と呼ばれるものがあります。その存在が最初に報告されたのが1999年で、一言で言うと『操作をすると、その生物の寿命が変わる遺伝子』のことです。これにはSir2と言う名前が付けられています」(サーツーと読む)。
「ある動物のSir2の活性を高めたり弱めたりすると、それに応じてそれに寿命が2倍になったり、半分になったりします。実験動物では、まさしく遺伝子操作によってそういう結果が確認されているのです。さらに調べると、このSir2は、『寿命だけでなく、実は老化のプロセスをコントロールしていた』ということがわかりました」。そして白沢先生は「老化や寿命は遺伝子要因が25%、環境要因が75%」としてます。
その中でも、とくにメタボリック症候群がSir2の働きを阻害していることを指摘しています。
また、この本の別の箇所とか他の本に、アンチエイジング(加齢制御)に重要なファクターにストレスがあります。「ストレス」も時々の不健康な習慣と同様にプラスになることもありますが、度の過ぎるストレスは心身を蝕むのは確かです。この辺は「ストレスの肖像」(林、中公新書)という本が本質的に考察してます。
***
以上をうまくまとめたサイトが下記にあります。
http://www.asyura2.com/10/senkyo84/msg/688.html
この長寿遺伝子Sir2の検査は比較的廉価にできます。下記サイトにその内容が書かれています。
http://r25.yahoo.co.jp/fushigi/rxr_detail/?id=20130718-00031101-r25

私の家の近くでは下記のサイトでやっています。どういう診断を下されるかについてもサンプルが公開されています。百合丘
http://www.furuta-clinic.jp/idenshi.html

結果に年齢があるのですが、それは現状のままで何歳ということであって天命ではないです・・。生活習慣病健診と同じで、受診後どうするかが長生きの秘訣のようです。
100歳をこえるレコードはなかなかでないと思います。私も健診はAABですが、今のところ越えてない感がします。高齢結婚する場合は役立ちそうです。孫の小学校までは行けそうかな(^^)
時間ができ次第書き込みます。最前線を越えるのが私の目標です。
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前の投稿 - 次の投稿 | 親投稿 - 子投稿なし | 投稿日時 2013/9/24 1:06
NTL  常連   投稿数: 114
上記の研究は父と私の犬の飼育記録とも一致します。本来なら私たちが発表したところです。??スパニエルとポメたちとの日々を思い出します。まあ、父は医学会ではなかったし、私は中学校でした。昔は「人類誰でも」というサイト?はなかったし・・
あとは、テロメアの長さをいかに保つかということですね。
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