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SARS-CoV-2変異系統樹における命名自体の改訂


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前の投稿 - 次の投稿 | 親投稿 - 子投稿.1 | 投稿日時 2021/1/31 6:04 | 最終変更
OK_like-mj  常連   投稿数: 678
"Nextstrain"を、日本で絞った変異
https://nextstrain.org/ncov/asia?d=tree&f_country=Japan&l=clock&lang=ja&m=div&p=full

に登場する用語を理解するには

東南アジアにおける新型コロナウイルスの突然変異と拡散
https://covid-19chronicles.cseas.kyoto-u.ac.jp/post-041-jp-html/
が参考になりました
【引用開始】
「年次系統群(year-clade)」に基づいて命名するという点で意見が一致した
系統群AとBは、それぞれに19A、19Bと呼ばれることになった
祖先株の19B系統群は、感染規模は小さかったが
2019年12月に最初に中国で広まり、ルーツとなる19A系統群は
主に中国とその他のアジアの全域に広まった
スパイク領域に変異(D614G)が生じたのは19A系統群で
これは2020年2月のヨーロッパでの大流行の際に生じ
20A系統群を生み出した。この20A系統群が急速に大陸全土に広まり
現在の世界的流行で多数を占める系統群となった
この時から新たな系統群を指定するには
世界の罹患率のうち20%以上に達していることが条件となった
このようにして、20A系統群は2月後半に分岐し
ヨーロッパ(ベルギー、スウェーデン)では20B系統群に
北米では20C系統群となった
そのようなわけで、これまでに計5種の系統群の存在が確認されている
ネクストレインでは、この命名法を現在使用しており
また今後も使用していく見込みである
【引用終了】

つまり、今日本の変異種の大部分と言われていた
"D614G"って、正式名では19A系統群が
さらに分岐したものが
その系統のスパイク領域に生じた変異の
名前が、"D614G"ってことになりますが

最近言われている英国での変異VOC-202012/01には
https://www.niid.go.jp/niid/ja/diseases/ka/corona-virus/2019-ncov/10144-covid19-34.html
23箇所の変異があり、スパイクタンパクの変異
(deletion 69-70、deletion 144、N501Y、A570D、D614G、P681H、T716I、S982A、D1118H)
とその他の部位の変異で定義されますが
南アフリカでの 20H/501Y.V2や
ブラジルでの 20J/501Y.V3, P.1も
"Nextstrain"を、日本で絞った変異に見られますが
この図は、感染種の量的割合って訳ではなく
縦軸は、単にmutation種類だけです

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前の投稿 - 次の投稿 | 親投稿 - 子投稿.1 | 投稿日時 2021/2/6 1:40 | 最終変更
OK_like-mj  常連   投稿数: 678
"Nextstrain"を、"日本"で絞った変異
https://nextstrain.org/ncov/asia?d=tree,frequencies&f_country=Japan&l=clock&lang=ja&m=div&p=full
の下にあった、"Show frequencies"を"ON"にしたら
各変異の割合の時系列変化が表示されます

また、"Admin Divisionでフィルタ"
の一覧にある都市を、clickして
"ON"、"OFF"が出来
"神奈川"でしたら
https://nextstrain.org/ncov/asia?d=tree,frequencies&f_country=Japan&f_division=Kanagawa&l=clock&lang=ja&m=div&p=full
ですが
2020年7月以降の13種類の変異種の均等表示は
変異の種類しか分からない時の表示と思われます
ですから、"愛知"のようにデータがあると
https://nextstrain.org/ncov/asia?d=tree,frequencies&f_country=Japan&f_division=Aichi&l=clock&lang=ja&m=div&p=full
のように表示されます
実際、データが揃っているのは、"愛知"以外は
"関東"だけです
https://nextstrain.org/ncov/asia?d=tree,frequencies&f_country=Japan&f_division=Kanto&l=clock&lang=ja&m=div&p=full
"関西"は去年の6月までしかありません
https://nextstrain.org/ncov/asia?d=tree,frequencies&f_country=Japan&f_division=Kansai&l=clock&lang=ja&m=div&p=full

さらに、"Locationでフィルタ"は
1つ下の階層の絞り込みですが
これも実質"名古屋"しか使えません
https://nextstrain.org/ncov/asia?d=tree,frequencies&f_country=Japan&f_location=Nagoya&l=clock&lang=ja&m=div&p=full

どうも、名古屋在住の医療関係者の方が
コロナ禍で忙しい中、この面倒な登録を
しっかりとされているようです

2019年12月から登録されているらしい
この"Nextstrain"なんかは
国内の、そうしたデータが集約される
厚生省の方が、早い段階から組織的に登録して
いれば、ワクチン開発にも有効にリンクするのは
明らかです

医薬会社が独自ルートで
変異種をしらべる手間が省け、開発に専念できたのに、って思いました
投票数:0 平均点:0.00
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前の投稿 - 次の投稿 | 親投稿 - 子投稿なし | 投稿日時 2021/2/6 14:06
OK_like-mj  常連   投稿数: 678
"Nextstrain"の日本に
データを登録された方々を調べました(順不同です)

国立感染症研究所 病原体ゲノム解析研究センター第三室 室長
関塚 剛史さん

藤田医科大学 医学部 微生物学講座・感染症科
鈴木 匡弘 ( スズキ マサヒロ )さん
藤田医科大学 医学部 ウイルス・寄生虫学
村田 貴之さん

神奈川県衛生研究所 微生物部 主任研究員
日紫喜 隆行

慶應義塾大学医学部 臨床遺伝学センター
小崎 健次郎さん

広島大学 医歯薬保健学研究科(薬) 名誉教授 
名古屋医療センター 臨床研究センターでデータ登録
仲田 義啓 ( ナカタ ヨシヒロ )さん

長崎大学大学院 熱帯医学・グローバルヘルス研究科教授
安田 二朗さん

広島大学 医療政策室, 理事・副学長
田中 純子さん

University of Wisconsin - Madison: Influenza Research Institute
Katarina Braunさん

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