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IBMのSARS-CoV-2変異種解析と国ごとの時系列変化表示


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前の投稿 - 次の投稿 | 親投稿 - 子投稿.1 | 投稿日時 2021/1/23 11:53
OK_like-mj  常連   投稿数: 675
「新型コロナウイルスの遺伝子変異可視化アプリケーション」をIBMが提供
https://www.mugendai-web.jp/archives/12229

IBM 機能ゲノミクス プラットフォーム
https://s2s-omxware.us-south.containers.appdomain.cloud/landing

誰しもが心配な変異種の情報の可視化表示を
提供していますが
ID登録が必要で、登録するには
具体的な研究内容の入力が必須項目です

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前の投稿 - 次の投稿 | 親投稿 - 子投稿.1 | 投稿日時 2021/1/23 12:16
OK_like-mj  常連   投稿数: 675
https://www.mugendai-web.jp/archives/12229
から
要点のみ抽出して引用すます
【引用開始】
約12日ごとに1回変異

世界の平均致死率は2.7%
日本が1.8%
最も高いメキシコは10%
シンガポールは0.1%未満

シンガポールのコロナウイルスを解析したところ
L3606F/P13L/A4489V/T2016K など
4つの変異を持った型が全体の95%

L3606Fなどのウイルスが
もともと低病原性ではないかと推論

全米でまん延しているウイルスは
D614G/Q57H/T265I
という3つの変異

4月の時点の日本ではシンガポールで流行している
低病原性のL3606Fが大半
最近では
D614G/203_204delinsKRが
日本でも多くなってきている
【引用終了】

誰しもが不思議な、日本を含めた東洋地域での
感染の絶対数の少なさの原因を
交差免疫などに求める話しよりは

もっと具体的かつ精密な話しなので
驚くべき内容と思います
この結果から、今年導入予定のファイザー等の
ワクチンがアメリカで開発されたものなので
"D614G"あたりの種を対象に作成されていれば

日本でも効く可能性は高いと思います
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前の投稿 - 次の投稿 | 親投稿 - 子投稿なし | 投稿日時 2021/1/23 12:44 | 最終変更
OK_like-mj  常連   投稿数: 675
もう1つの"203_204delinsKR"が気になったので
調べました
https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.12.20.423630v1.full
から
【引用開始】
D614Gのサブクラデスには
フランスで最初に同定されたD614G/Q57H/T265I
ドイツで初めて同定されたD614G/q57H 203_204delinsKR/T265I
ドイツで初めて同定されたD614G/203_204delinsKR/T175M
アイスランドとポルトガルで初めて同定されたD614G/203_204delinsKR/T175M
(Koyamaら2020年)が含まれます
【引用終了】
サブクラデスって
父方系で遺伝する中での変異のようで
アメリカで猛威を振っている"D614G"の系列のようですが
遺伝って、まだ1年足らずでヒトの遺伝が
なぜ問題になるのか調べる必要があります

https://en.wikipedia.org/wiki/Subclade

https://ja.wikipedia.org/wiki/%E3%83%8F%E3%83%97%E3%83%AD%E3%82%B0%E3%83%AB%E3%83%BC%E3%83%97H_(Y%E6%9F%93%E8%89%B2%E4%BD%93)
によれば
Haplogroup H (Y-DNA))とは
分子人類学において人類の父系を示す
Y染色体ハプログループ(型集団)の分類で
ハプログループFの子系統で
「M69」の変異によって定義されるグループである
【引用終了】
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