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COVID-19 国内の情報整理


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前の投稿 - 次の投稿 | 親投稿 - 子投稿.1 | 投稿日時 2020/8/8 10:36 | 最終変更
OK_like-mj  常連   投稿数: 372
今まで、基礎的内容重視と考えて
"生物学・生物科学"に投稿しましたが

やはり、"メディカル・サイエンス"だろうと思い至りました

IPS細胞の山中伸弥さんのサイトの
"感染様式や対策に関する論文
https://www.covid19-yamanaka.com/cont4/14.html
が普通に考えると、内容的に信頼性の高い情報と
思われがちですが
そこに登録されている論文は、海外情報も多く
日本国内で、抗体保有者の調査が8/8現在
すでに多数実施されていると思われるのに
その結果を信頼のおける形の論文で知る事が
できません

唯一、日経メディカルの
"PCR・抗原・抗体検査をどう使い分ける?"
https://medical.nikkeibp.co.jp/leaf/all/report/t344/202005/565708.html

"新型コロナウイルス感染症に対する検査の考え方"
http://www.kansensho.or.jp/uploads/files/topics/2019ncov/covid19_kensaguide_0526.pdf
の要点の報告がなされている

ポイントをいくつかに分ける

【抗原検査キット】
① 抗原検査キット"エスプライン SARS-CoV-2"が
承認・保険収載された(5/13)
② 鼻咽頭拭いを使う
② 約30分で陽性・陰性を判定できる
③ PCR検査と比較した
陽性一致率は66.7%
陰性一致率は100%
つまり、本当は"陰性"なのに
"33.3%"の方が"陽性"と表示されてしまう
多く見積もってしまうのだから問題ない
【特異抗体検査】
① イムノクロマト法による定性検査が複数存在する
"血中抗SARS-CoV-2抗体検査キット4種の性能に関する評価結果"
http://www.kansensho.or.jp/uploads/files/topics/2019ncov/2019ncov_kits_0520.pdf
② 血液を使用
このため、採取時の感染リスクが低い
③ 特異抗体の産生には通常
感染後2~3週間の期間が必要であり
感染・発症していても抗体検査で陽性にな
らない場合がある
④ ソフトバンクグループが、44000人を対象に実施
したのは抗体定性検査だが
0.43%に当たる191人が陽性

エスプライン SARS-CoV-2が保険収容が5/13なのに
ソフトバンクのような大規模検査の報告がまだない
それでも、少なく見積もってしまうとしても
特異抗体の検査の0.43%という値は
西欧や南米での感染死亡者に比べた、日本の
死者数の意味を説明できない

武漢のS型(先祖型)とK型(先祖型から変異した)
で日本が集団免疫になったとする記者会見
緊急記者会見『新型コロナウィルス・第二波は来ない』
https://youtu.be/gsN4cVGatdU
の先生方は、どのように理解されるのでしょうか
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前の投稿 - 次の投稿 | 親投稿 - 子投稿.1 | 投稿日時 2020/8/11 5:47 | 最終変更
OK_like-mj  常連   投稿数: 372
【査読後で校正前の論文】
CELL_新型コロナウイルスに対するT細胞応答の標的
https://covid19-jpn.com/cell0523/
が、今一番Hotな
なぜ免疫を0.5%程度しか持たない日本のような国で
死亡者が桁違いに少ないのか
COVID-19には、ワクチンなどあり得るのか
すぐに効かなくなってしまうんじゃないか
等の疑問に答える最新研究です

この論文以外に、SARS-CoV-2の不可思議な挙動を
論理的に理解する方向は少ないと思われます

伊豆倉さんご指摘の"交差免疫"の意味も
T細胞の文脈で理解できるようです

ただ、COVID-19への世界的戦略に育つには
多くの解決すべき課題を、世界規模で越える
必要があり、ワクチンの有効性の意味なども
そうした認識確立後でないと意味不明な所が
正直あります
特に、"Cytokine storm"にカラダが誘導されて
しまうのは、なぜかを理解する事は重要で
この機構があるから、世界中で多くの死者が出て
人々は恐怖に震える訳で
ワクチンの意味の確立と同時に
ここの部分の解明が急務です
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前の投稿 - 次の投稿 | 親投稿 - 子投稿.1 | 投稿日時 2020/8/11 23:33 | 最終変更
伊豆倉 正敏  スタッフ   投稿数: 975
こんばんは、交差免疫の現象については次の記事が分かりやすいです。
※アメリカのデータですので日本のデータでは無いです。
新型コロナ、免疫の研究進む ワクチン開発や感染対策に影響―緊急事態3カ月
https://www.jiji.com/jc/article?k=2020070700843&g=soc

> さらに新型コロナの流行前に採取し保存していた血液を調べたところ、半数の人に新型コロナに反応するT細胞があることも明らかになった。チームは、普通の風邪の原因となるコロナウイルスへの感染でできた免疫が新型コロナに働く「交差免疫」の可能性を指摘する。

 解釈次第ですが、流行前の保存血液で反応があったということは、この新型コロナウイルスに対して免疫が出来る前に、より以前に何かの免疫を獲得する機会がある「何か」が有った可能性があると、日本だけで無く中国も初期は感染者数が大量発生しましたが13億人に対して落ち着いたということは何かがあるのかなと思います。

 ただ、確か先月のNHKの特集だと500種類以上にRNA遺伝子が変異しているので変異した株に対してどの交差免疫が効くのかの組み合わせが有るのかが今時点では分からないのと、今(8月)の日本の感染者数の増加ペースだと(それでも無症状や軽症が多いのですが、3月4月のPCR検査検査待ちまでに悪化してから入院と異なり、濃厚接触時点でのPCR検査数が増えため見つけたのが早くて無症状の発症前か重症化前に病院か施設隔離できるようになったのかは日や週単位の症状の経過を見ないと分からないです。)交差免疫にならない株の組み合わせが有るのかが今時点では分からないというのが怖いです。

 感染にしても強毒株と弱毒株に分かれるようですしこればかりは新型過ぎて色々な事象データや論文を知り、新しく覚え直していくしか無いのかなと思います。
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前の投稿 - 次の投稿 | 親投稿 - 子投稿.1 | 投稿日時 2020/8/12 7:18 | 最終変更
OK_like-mj  常連   投稿数: 372
一番ヤバイことは
こうした"交差免疫"が経済のmotivationとはならない
研究レベルの未解明事項だっていう点で
具体的に言いますと
ワクチンは早く欲しいという人々の希望もあり
製薬会社も、なんとか早急に作ろうと必死な訳で
出来れば、それなりのお金にはなると思われます

でも、出来たワクチンが、すぐに使い物に
ならなくなってしまう可能性すら
この問題は孕んでいるのですが
その機構は、複数の免疫機構全体が関係する感じのもので
10年かかるワクチン開発を、"DNAワクチン"で
1~2年に短縮したようなレベルの研究では無いと思われます

それに、すぐに薬の開発とはつながらない

つまり、COVID-19を何とかやっつけた後で
じっくり取り組むことなのかと思います

今の時期に、ワクチン開発に先行して解明し
ワクチン開発にフィードバックしようにも
もう、すでに phase3レベルになっているものを
どうする事もできません

感染対策が進行する中での経済活動、そして
その中での、いろいろな基礎研究
すべてが同時進行するのは
いろいろな感染症すべてに言える事です

その中でも、基礎研究の果たす役割は
すべての方向性を決めてしまう程のものですが
とりあえず、私たちは生き残らなくてはなりません
それでも、とりあえず出来たいくつかのワクチンを適用し
それでも、終息しないなら、人類総出で
"交差免疫機構"と"Cytokine storm"の関係性などを
早急に解明する道へと乗り出すしかないのでしょう

すでに、そうした動きは始まっていると思います
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前の投稿 - 次の投稿 | 親投稿 - 子投稿.1 | 投稿日時 2020/8/12 22:14 | 最終変更
OK_like-mj  常連   投稿数: 372
今日のNHK_BS1スペシャル 
シリーズ人体
「驚異の免疫ネットワーク~新型コロナとの戦い」
で、HLA(組織適合性抗原)という遺伝子の違いが

COVID-19の重症度を決める事がわかりつつあるようです
公益財団法人HLA研究所(2000年11月設立)
http://hla.or.jp/about/
に基本的な免疫機構の話しがあります

問題の遺伝子配列の読み取りですが
Illumina, Inc.
Sequencing by Synthesis (SBS)Technology
https://youtu.be/QhJHwxHDjV0
が、1998年創業ですが、TOP独走って感じです

それをさらに進めた複数の大学が共同で
"コロナ制圧タスクフォース"を 5/21に立ち上げ
その時点ですでに分かっている
pointが分かり易い報告書で立ち上げ時に公開されています
http://www.tmd.ac.jp/archive-tmdu/kouhou/20200521_1.pdf

pointとなる箇所を一部引用します
【引用開始】
HLA(注3)と総称される一群の分子は
獲得免疫を誘導する、いわば司令塔のような
役割を担っており
「エピトープ」と総称されるウイルスのタンパク質の
一部をその上に特異的に結合します
この HLA に結合した「エピトープ」が
T 細胞受容体とよばれる T 細胞によって認識されることが、
細胞障害性T細胞や抗体を産生するB細胞の機能に代表される
「獲得免疫」が機能する鍵となります
この HLA には非常に多くの種類
(HLA A, B, C, DR, DQ, DP など)の遺伝子が存在し
また、それぞれのHLAについても
(例えば HLA A)についても
個人によって異なる多型が知られており
ウイルスに対する応答性の違いだけでなく
花粉症やその他の免疫が関わる多くの病気になりやすさ
の違いに関係していると考えられます
一方、自然免疫を含むこれらの免疫反応は
HLAの多型以外の個人のバリエーションによっても
強く影響をうけることが知られており
従って、COVID-19 の重症化にはHLAを含む
さまざまな多型が重要な役割を担っていることが示唆されます
【引用終了】
今日(8/12)時点で
コロナ制圧タスクフォース
https://www.covid19-taskforce.jp/opened/coronanews0726/
のサイトを見ても、5/21発足で
2か月半くらいで報告すべきものなど
出る訳もありませんよね

世の中が、騒がしく感染の嵐で時々刻々変化する中にあって
日々、新しい報告をし続けるには
自分たちの研究だけでは、日々って訳にはいきません
他人のふんどしを借りるしか、見栄えは出ませんね

HLAの方向では、政府が予約したpfizerの
ワクチンと違い、日本人に合った
さらには、一人一人のHLAに合ったワクチンが
もっとも有効って話しになりそうです
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前の投稿 - 次の投稿 | 親投稿 - 子投稿.1 | 投稿日時 2020/8/15 4:56 | 最終変更
OK_like-mj  常連   投稿数: 372
免疫システムの全貌を、対ウイルスという意味で
各要素の働きを理解するのは、決して容易なことではありません
ネットを検索する中で、全貌を図を中心にして
とても分かり易いサイトを見つけました
① 株式会社 医学生物学研究所
https://ruo.mbl.co.jp/bio/product/allergy-Immunology/article/immunology.html
② 奈良教育大学付属自然環境教育センター
石田正樹さんの生物学概論 I の
10章 分化細胞の機能と構造②.pdf
http://mail2.nara-edu.ac.jp/~masaki/CBL-SITE/Other_files/10%E7%AB%A0%20%E5%88%86%E5%8C%96%E7%B4%B0%E8%83%9E%E3%81%AE%E6%A9%9F%E8%83%BD%E3%81%A8%E6%A7%8B%E9%80%A0%E2%91%A1.pdf
講義全体は
http://mail2.nara-edu.ac.jp/~masaki/CBL-SITE/Other.html

Kindleの
休み時間の免疫学 齋藤紀先 第3版 講談
恐らく、正確さと分かり易さでは
これがTOPと思いますが
正確であるが故に、なかなか全貌に到達できない
https://www.amazon.co.jp/%E4%BC%91%E3%81%BF%E6%99%82%E9%96%93%E3%81%AE%E5%85%8D%E7%96%AB%E5%AD%A6-%E7%AC%AC%EF%BC%93%E7%89%88-%E4%BC%91%E3%81%BF%E6%99%82%E9%96%93%E3%82%B7%E3%83%AA%E3%83%BC%E3%82%BA-%E9%BD%8B%E8%97%A4%E7%B4%80%E5%85%88-ebook/dp/B07DHLLMVR
このスレッドで"集団免疫"の問題提起された奥村康さんの
3日でわかる免疫
疲れたらこれを見ると、なんか安らぎますし
鼻水とかの普通に使う言葉や、日常生活の話しも多いので、分かった気になる
https://www.amazon.co.jp/%EF%BC%93%E6%97%A5%E3%81%A7%E3%82%8F%E3%81%8B%E3%82%8B%E5%85%8D%E7%96%AB-%E5%A5%A5%E6%9D%91-%E5%BA%B7-ebook/dp/B01H1452O6
を読んでみましたが
石田正樹さんの講義が一番まとまっていました
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前の投稿 - 次の投稿 | 親投稿 - 子投稿.1 | 投稿日時 2020/8/15 6:17 | 最終変更
OK_like-mj  常連   投稿数: 372
"集団免疫"がB細胞が作る一般的な"抗体"の意味でのものでなく
T細胞による免疫で、果たして達成されるものかが
問題の核心です

また、一般にMHCと呼ばれ
(Major Histocompatibility Complex; 主要組織適合性複合体)
ヒトに対しては、HLA
(Human Leukocyte Antigen; ヒト白血球抗原)
と呼ばれるものが個体差問題から
アジアと西欧諸国での感染の差に迫る考えもあります

つまり、弱毒性ウイルスが蔓延し尽くしT細胞免疫を持つ人は大勢いるのか
HLAの個体差問題なのかという形に二分できない面がある事が
HLAとT細胞の関係を見ると分かります
いずれにせよ、B細胞由来の"抗体"を持つ人は
感染による死者が少ない日本でも、わずかしか
いないという事実から考えますと

いろいろ考えるべき方向性が絞られるのでしょう

リンパ球のT細胞やB細胞の働きは
獲得免疫という記憶可能な防御システムです
白血球の好中球やマクロファージ、樹状細胞は
外敵を食べ分解しますが
最終的に、リンパ節で、体内を循環している
T細胞やB細胞と出会う形になるようです
https://ruo.mbl.co.jp/bio/product/allergy-Immunology/article/Acquired-immunity-Antibody.html
の"リンパ節の構造"という図がその状況を示しています
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前の投稿 - 次の投稿 | 親投稿 - 子投稿.1 | 投稿日時 2020/8/15 11:59 | 最終変更
OK_like-mj  常連   投稿数: 372
いろいろな話しを総合すると
自然免疫でやつけている状況は、日常的に
ほぼ毎日あらゆる細菌やウイルスとの戦いを
知らない間に、私たちの体はやっていて
大抵は、それで問題なく気持ちよく生きられている
そのシステムの認識は大雑把だ

でも、その防御システムを突破するものに遭遇して
獲得免疫が働くには、リンパ節で、リンパ球と
自然免疫を担う樹状細胞とかの相互のやり取りが
必要になる
それは相手を正確に記憶し
いつでも対応できる体制を同時に構築する
無限にある相手に対応する手順を明らかにしたのが
利根川進さんの仕事で、ノーベル賞になった

セントラルドグマも、ヒストンというDNAが巻き付いている
球形になっているタンパク質を知り
具体的にどのように実行されているかとなると
途端に難しい

免疫が分かりにくいのは、ヒストン・レベルの
話しにせざるを得ないからなんだと思います

セントラルドグマは一般に任意のタンパク質が
DNAから作られる流れを可視化したが

免疫には、そうした任意な状況は少なく
どの細胞や、どの受容体に、どういう働きがあって
相互に関係し、全システムを構成しているかだけなのだ

その中でも。利根川さんの仕事は
セントラルドグマのような一般的に任意の相手を
認識する仕組みの可視化だから、凄いのだが
それは免疫全システムの一部でしかない

にしても、この"抗体"の働きは
とても重要な部分を占めているのは明らかですが

今回のCOVID-19では、役立たない可能性が
見え隠れしている
これは、ワクチンの効き目のある無しに関係し
致命的な問題なのだ

よく言われる
"風邪をやっつける薬ができたらノーベル賞だ"
のように、風邪の薬というのは対症薬でしかない
細菌なら抗生物質があるが
これは風邪のひき始めから、ちょっときつくなった頃の
ウイルスのphaseから細菌のphaseに
外敵の生態系の中心が変わらないと効かない

2種類のウイルスに同時にかかる事はない
とか
ウイルスと細菌に同時にかからない
ような話しは、とても重要です
同時に、複数の相手と戦うのは困難ですから

このような複数が相手にはならない事を
説明していたものがありましたが
今すぐには探せません

でも、これが原理となると
そのphaseの臨界点を見極めるなら
2番目のphaseに移った時点で、最初の原因は
勝手に叩かれているのですから
ウイルスに効く薬がなくても、細菌のphaseに
なった時点で、叩くことが出来ます

でも、大抵の風邪の原因のコロナウイルスは
大したことなく、細菌がヤバイ事が多いので
自然免疫で風邪コロナが叩かれれば一番早い訳ですが

今回のコロナには、そうした生態系の
中心の座を奪えるような細菌はいないようです

一般的には、もっと複雑な生態系の形成も考えられますが
そうした研究分野の名称が分かりません
central dogma に対する epigenetics
のような関係のものですが


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OK_like-mj

なし Re: COVID-19 国内の情報整理

msg# 1.1.1.1.1.1.1.1.1
前の投稿 - 次の投稿 | 親投稿 - 子投稿.1 | 投稿日時 2020/8/15 13:11 | 最終変更
OK_like-mj  常連   投稿数: 372
central dogma は、物理の原理のようなもので
一気に全体の様子を解明しますが

細胞や、その集合である組織には
多くの機能をもった要素が存在し
その連携の仕方も、とても重要で

物理ほど原理から、すべてが導かれるものではありませんが

これは、物理で言えば
原子のような具体的系で、いろいろな個別的問題が
見つかる状況には似てなくもありません
運動方程式があっても、最初から謎の全貌が
それの任意の解だけで分かるものではなく
相対論と関係したspinの存在などは
実際の原子という具体的な系で
その精密なenergy準位を調べる中で発見された訳です

それでも、一般的原理的に言える事が分かる事はとても重要で
signal伝達という
生化学反応が複雑に存在する見えにくい状況を
構造体同士の関係の図式に置き換えられたのも
central dogmaという図式があったためです

central dogma が誕生したばかりの頃は
細胞内には、いろいろな生化学反応が
複雑に絡み合って存在すると考えられていました
つまり、次々に起こる化学反応という
止められない全体のimageです
今では、多くの機能をもった受容体が
細胞膜を貫通し、核に分子を使って次々に
情報を伝達するという
ある意味、一瞬で止めた時に意味をなす
全体のimageをもった機能的理解に至りました

私が学生の頃は、DNAを発見した本人
James D.Watsonの
Molecular Biology of the Geneしかありませんでしたが
これには、生化学反応の記述が至る所に見られました
今では、ネット検索しても分かる通り
化学反応で記述する人など、ほとんどいません

細胞内の状況は、図で理解可能になったのです

こうした機能をもった構造で理解する事は
そこそも多くの組織がマクロに果たす機能を
ミクロな機能に還元して理解する道を開きました

逆に言えば、マクロな機能が生まれる起源を
問うという問題へ答える方法が分かったって事です

この考えは、生命の起源という謎を解くことにも
直結する方法を提供する事にもなります

もっとも進化が、個体発生で繰り返される
のは、論理的にどういう意味をもつのか
などの検討は、本質的な気がします

なぜ、毎回私たち生き物は
生命が誕生してから現在の姿に至るまでの
すべての過程を、その誕生の過程で
最初から、やり直す必要があるのか
その意味は、重要です
あたかも生命の秘密ここにあり
という現実が受精から誕生までの間にある感じです

ここには、歴史的に多くの進化を遂げたドラマの
再現があります

どうして目が出来たのか
そうして鰓(えら)が肺になったのか
大脳皮質は...などなど
多くの謎が、発生の各段階を見れば明らかです

なぜ、そうしたすべての過程を制御する情報さえも
そこに関わる部品のすべても、機能的構造体も
そうしたすべての対象の設計図がDNAという分子に
集約することが可能になったのかって話しと
発生の段階で、歴史的に出来上がった形を
なぜ、もう一回繰り返すのかって話しは
論理的につながっている気もします

自己展開する受精卵の中には
こうやって進化したんだよ
って見せ、その過程をもう一度たどることのできる
秘密が、その受精卵のDNAやepigeneticsにあって
同時に、それらは、再帰的にDNAを新たに生まれる
細胞の1つ1つに組み込んでもいる

なぜこの論理的な入れ子構造が生じるのだろうか
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OK_like-mj

なし Re: COVID-19 国内の情報整理

msg# 1.1.1.1.1.1.1.1.1.1
前の投稿 - 次の投稿 | 親投稿 - 子投稿.1 | 投稿日時 2020/8/15 14:35 | 最終変更
OK_like-mj  常連   投稿数: 372
そろそろ話しの展開にクレームが付きそうなので
生物スレッドに移動すべき頃ですが

もう1つ、ついでに言っちゃいますと
生命誕生初期に
細胞を構成する部品と、その設計図が
混然一体としていたのは明らかで

それが機能分担したのが、どのような原理に
よるのか

この問題は、論理的な入れ子構造の生成問題と
同時に解決しないと辻褄を合わせるのが困難です

この部分を解くのは、ある思いつきによる
論理の飛躍が必要なのは明らかと思います
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OK_like-mj

なし Re: COVID-19 国内の情報整理

msg# 1.1.1.1.1.1.1.1.1.1.1
前の投稿 - 次の投稿 | 親投稿 - 子投稿.1 | 投稿日時 2020/8/16 5:46
OK_like-mj  常連   投稿数: 372
【研究ツールとしての抗体技術】
抗原とエピトープ
https://m-hub.jp/biology/1006/antigen-and-epitope
のリンクから
抗体ガイドブック 3版
https://www.sigmaaldrich-jp.com/catalog/?freeword=RBM041
を down load 出来ます

ふつう言われる抗体検査の抗体は
B細胞が作る抗体ですが、この抗体が
ウイルスに付くと、細胞侵入出来なくなったり
食細胞に食べられやすくなりますが

また、活性化したT細胞は
感染した自分自身の細胞を破壊しますが

こうした反応は、ウイルスだけに起こるのでは
ありません
どういう物質が"抗原"として認識され
これらのsystemが起動するかという
より詳細な、分子レベルの話しがあったのです

抗原決定基(エピトープ)と呼ばれています

この問題は、自己免疫反応や食べ物の
アレルギーにも関係してしまう一般的な問題ですが
ココロの状態へもリンクしてしまう事は
B細胞を抗体が作れるように分化させる
以前話題にでました IL-6 の論文で分かっています

エピトープの問題は、実際の研究者レベルの問題で
研究対象によって、どういう抗原を扱うかという問題に
絞り込まないと収拾できないくらいに
一般的な生化学的条件で規定される内容になっています
【引用開始】
<優れた抗原の特性>
①分子内に構造的安定性および化学的複雑性を有する領域がある
②相当な長さがあるが、大規模な反復単位がない
③分子量が最小でも8,000〜10,000 Daである(ただし、キャリアタンパク質の存在下では、分子量が200 Da程度のハプテンも用いられる)
④免疫系によって処理可能である
⑤抗体形成機構が到達可能な免疫原性領域がある
⑥ホスト内に存在するものとは十分に異なった構造エレメントがある
⑦ペプチド抗原の場合、K、R、E、D、Q、Nの免疫原性アミノ酸を30%以上含有する領域がある
⑧ペプチド抗原の場合、親水性、または帯電したアミノ酸残基がある
【引用終了】
かなり具体的条件もありますが
①の構造的安定性、化学的複雑性
②の相当な長さ、大規模な
④の処理可能
⑤の到達可能
⑥の十分に異なった
なんかの表現は
現場では、より具体的な分子の言葉による表現で
対象を絞り込で、論文の対象の記述に使うと
思われますが
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OK_like-mj

なし Re: COVID-19 国内の情報整理

msg# 1.1.1.1.1.1.1.1.1.1.1.1
前の投稿 - 次の投稿 | 親投稿 - 子投稿.1 | 投稿日時 2020/8/16 6:22
OK_like-mj  常連   投稿数: 372
抗体ガイドブック 3版
を読んで、これまでの多くの解説が
定義するいろいろな概念が
実際には、対象となる分子の
具体的な構造によって成り立つもので
いろいろな概念の間で
境界が少しづつ曖昧になって行きます

最終的には、量的に規定できなくては
何かを計ることも、用意することもできません
実際のメカニズムを知るためには
こうした量的規定で、すべてが分子の相互作用に
見えてしまう中で、特定の概念へのこだわりを
捨てないと先には行けないんでしょうね



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OK_like-mj

なし Re: COVID-19 国内の情報整理

msg# 1.1.1.1.1.1.1.1.1.1.1.1.1
前の投稿 - 次の投稿 | 親投稿 - 子投稿.1 | 投稿日時 2020/8/16 13:17 | 最終変更
OK_like-mj  常連   投稿数: 372
今回の集団免疫達成の話しは
T細胞による獲得免疫を大半の日本人が達成した
話しな訳ですが

逆に、B細胞が作り、ウイルスを無力化する"抗体"を
もった人が、どれだけいるかの検査では1%未満です

でも"獲得免疫"があるなら
B細胞が"抗体"をいつまで作り続けるのか
という問題は重要です
おそらく、ウイルスが存在する限りとは思いますが
ウイルスが退治された後に抗体そのものは不要ですからね
でも、出会ったウイルスに効く"抗体"を
いつでも作れるシステムは一度獲得したら
残るのでしょうから

抗体検査では検出されないが
すでに体が獲得した免疫があるかどうかの検査は重要ですが

T細胞が、ウイルスを認識するための
感染した細胞表面に、HLAを使って提示される
"ウイルスの断片"が、ウイルスのどの部分が
提示されるのかという、私の謎に答えを与えそうな論文
COVID-19 ワクチン候補ペプチドの同定
細胞性免疫誘導を特徴とする画期的ワクチンの開発へ
https://www.ncc.go.jp/jp/information/pr_release/2020/0730/press_release_20200730.pdf
を読むと
獲得免疫の有無の検査をするには
この"ウイルスの断片"を特定する問題がありそうです
投票数:0 平均点:0.00
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OK_like-mj

なし Re: COVID-19 国内の情報整理

msg# 1.1.1.1.1.1.1.1.1.1.1.1.1.1
前の投稿 - 次の投稿 | 親投稿 - 子投稿.1 | 投稿日時 2020/8/16 14:49
OK_like-mj  常連   投稿数: 372
T細胞やB細胞が、免疫を記憶する仕組みは
最先端の課題である事が分かった

とりあえず日本語でよめるreviewは
メモリーB細胞はインターロイキン9を介し抗体の迅速な産生を可能にする
http://first.lifesciencedb.jp/archives/18506

T細胞依存性免疫応答における胚中心と記憶担当細胞の分化・応答の制御機構
https://dai3kitamura.jimdofree.com/%E7%A0%94%E7%A9%B6%E7%B4%B9%E4%BB%8B/

つまり、そうした免疫があるのか無いのかを
検査する以前の段階なのだ
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なし Re: COVID-19 国内の情報整理

msg# 1.1.1.1.1.1.1.1.1.1.1.1.1.1.1
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OK_like-mj  常連   投稿数: 372
今まで、これだって論文がHitしなかった
newengland journal of medicine ですが
"newengland journal of medicine Immune memory mechanism pdf"で、
natureが、大Hitしました
今、世界中の論文は、コロナ関連は、ほぼ free download です
soft開発でsource公開して、みんなで取り組むのと似た考えですね 見つけたのは
The trinity of COVID-19:immunity,inflammation and intervention
https://www.nature.com/articles/s41577-020-0311-8.pdf
ですが、挿絵がきれいにまとまっています
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なし Re: COVID-19 国内の情報整理

msg# 1.1.1.1.1.1.1.1.1.1.1.1.1.1.1.1
前の投稿 - 次の投稿 | 親投稿 - 子投稿.1 | 投稿日時 2020/8/17 7:51 | 最終変更
OK_like-mj  常連   投稿数: 372
注文した
"初めの一歩は絵で学ぶ"シリーズの"免疫学"
https://www.amazon.co.jp/%E5%88%9D%E3%82%81%E3%81%AE%E4%B8%80%E6%AD%A9%E3%81%AF%E7%B5%B5%E3%81%A7%E5%AD%A6%E3%81%B6-%E5%85%8D%E7%96%AB%E5%AD%A6-%E3%80%8C%E3%82%8F%E3%81%9F%E3%81%97%E3%81%AE%E4%BD%93%E3%80%8D%E3%82%92%E3%81%BE%E3%82%82%E3%82%8B%E4%BB%95%E7%B5%84%E3%81%BF-%E7%94%B0%E4%B8%AD-%E7%A8%94%E4%B9%8B/dp/4840746540/ref=zg_bs_2454220051_18?_encoding=UTF8&psc=1&refRID=EPJGEP0D3KGAA6T341BB

昨日到着し、読んでビックリ
2019年4月10日の第3版なのですが

こどもに説明するような書きっぷりで
今までのどの資料より正確かく最新の内容に
驚きました

最新の免疫の働きを知るには、最適です
アマゾンの売れ筋ランクでは、なんと18位
ですが

ちっと知識を持った人は、バカにして
やや専門的記述がありそうな本に向かってしまう
のがランキングに現れています
私は、これまで Kindleを中心に9冊の本を
読みまくりましたが

この本が断トツです
① 全体の構図を見失わずに
② TやBといった細胞が、実際にドコの組織
で、いろいろな変化を遂げるかが分かる
③ 一番重要な2次感染にそなえる獲得免疫の
本質となるリンパ節の胚中心で起こる
"クラススイッチ"や"親和性成熟"や
"体細胞高頻度突然変異"が分かるようになる
④ ふつうに知られる抗体のlgG抗体が
遺伝子の途中がループ状になって切り出されることが
"クラススイッチ"であり、lgG抗体を
codingする様子が分かる

このように、未解明と思われた記憶B細胞の
謎が、かなり正確に分かります

あまりの分かり易さに
なぜ、この本は、相当難易度の高い内容を
これ程、分かり易さを失わずに説明できているの
だろうか考えました

その秘訣は、多くの概念とリンクしてしまう
難易度の高い概念を、すぐに全貌の記述をせずに
まず全体の登場人物がどういう関係で
時間的につながっているのかを話され
徐々に1つ1つの関係性の詳細に迫っていくから
分かり易くなっているのです
とくに重要な考えは、欄外のコラムが設けられていたりします

ってことで、脇道に逸れますが
あの大栗博司さんが、Caltechと東大を結んだ
衛星講義で、数学の山の頂をぴょんぴょん飛んで
全貌を語った、ICM'90のwittenの論文の解説が
まさに、この本に匹敵します
詳細を半端に分かった人は、全体の構図よりも
詳細に走りがちです
とくに、この数学でFields賞をとった論文で
これを極限まで詳細かつ分かり易くしたのが
岩波の基礎数学講座の"場の理論とトポロジー"
ですが、その本をマジで分かろうとしたら
他の何冊もの本を読まずには理解でないのですが
きっと、その途中で必ず挫折してしまいます

この"初めの一歩は絵で学ぶ"シリーズの
他の本も購入したくなりましたが
シリーズ全体で、こうした状況が成立しているかは
編集者が依頼する専門家を選ぶ段階で
その専門家が、シリーズの精神を実現できる方
なのかを見抜けるか否かに係っています
って書きましたが

今、思うと
分野ごとに、状況はまるで異なり
体系的に記述せざるを得ない教科書では
全貌を書くことが、どうしても中心になります
分からせる事は二の次にならざるを得ません
田中稔之さんが、この本で実現できたのは
田中さんが、分子生物学の手法で実験したりするような
研究者ではなく、薬学という分野に属し
面倒な実験手順から一定の距離をもって接する
立場にあったという幸運があったからではないかって気がしています

何れにせよ、今後、このような形で
免疫の謎を解説してくれるものは
この"初めの一歩は絵で学ぶ"シリーズの"免疫学"の
改訂版を待つ以外は、個々の詳細レベルの総説などを読み
自分で、全体像を構築するか
或いは、詳細に全貌が書かれた最新版の
分かり易い教科書を見つけるしか無さそうです


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なし Re: COVID-19 国内の情報整理

msg# 1.1.1.1.1.1.1.1.1.1.1.1.1.1.1.1.1
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OK_like-mj  常連   投稿数: 372
私が、多発性嚢胞腎で透析を始めた頃
2004年の1月に
The new england journal of medicineに掲載された
総説論文
Polycystic Kidney Disease
Patricia D. Wilson
Mount Sinai School of Medicine, New York
をcredit card決済で購入し、全訳したのは
その頃でしたが
今では、Research Gateから pdf取得可能です

この論文を読むまでに、signal伝達で
分子生物学に革命が進行している感じは
つかんでいたため、シグナル伝達
https://www.amazon.co.jp/%E3%82%B7%E3%82%B0%E3%83%8A%E3%83%AB%E4%BC%9D%E9%81%94-%E7%94%9F%E5%91%BD%E3%82%B7%E3%82%B9%E3%83%86%E3%83%A0%E3%81%AE%E6%83%85%E5%A0%B1%E3%83%8D%E3%83%83%E3%83%88%E3%83%AF%E3%83%BC%E3%82%AF-%E7%AC%AC2%E7%89%88-%E4%B8%8A%E4%BB%A3%E6%B7%91%E4%BA%BA/dp/4895926923/ref=sr_1_3?adgrpid=100038304450&dchild=1&gclid=EAIaIQobChMIgPSVsYih6wIVUCQrCh1bdAdLEAAYASAAEgLikvD_BwE&hvadid=450105877863&hvdev=c&hvlocphy=1009320&hvnetw=g&hvqmt=e&hvrand=9556535673345558593&hvtargid=kwd-335187734141&hydadcr=25439_9581287&jp-ad-ap=0&keywords=%E3%82%B7%E3%82%B0%E3%83%8A%E3%83%AB+%E4%BC%9D%E9%81%94&qid=1597627009&sr=8-3&tag=googhydr-22
の初版を買って持っていたりしましたが

なにせ、相当詳細に書かれていて全貌を理解する事など
出来ませんでした

NJMのPolycystic Kidney Diseaseを読んで
進行中の革命の有効性が、こういう事だったって分かったのです

挿絵が豊富なのも、signal伝達描像の特徴です

つまり、全体を分かり易く可視化できるのです

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なし Re: COVID-19 国内の情報整理

msg# 1.1.1.1.1.1.1.1.1.1.1.1.1.1.1.1.1.1
前の投稿 - 次の投稿 | 親投稿 - 子投稿なし | 投稿日時 2020/8/22 13:13 | 最終変更
OK_like-mj  常連   投稿数: 372
免疫systemの解明と同じくらい重要なsystemが
エキソソームの形成の過程および医療への応用
https://dbarchive.biosciencedbc.jp/data/leading_authors/data/Doc/Ochiya-7.e007-PDF.pdf
の著者の一人、落谷孝広さんは
science zeroにも出たので知る人は多いが

癌や感染症で、効く人と効かない人の秘密を解くには
"免疫"と"エクソソーム"の絡み合いは
ぜひとも知らなねばならないし

そうした知識なしに創薬などあり得ないでしょう

今週の木曜の透析前に時間があったので
三省堂で、書籍版を買ってしまった
免疫生物学(原書第9版)2019/3/8
https://www.amazon.co.jp/%E5%85%8D%E7%96%AB%E7%94%9F%E7%89%A9%E5%AD%A6-%E5%8E%9F%E6%9B%B8%E7%AC%AC9%E7%89%88-%E7%AC%B9%E6%9C%88-%E5%81%A5%E5%BD%A6/dp/4524251154/ref=sr_1_7?dchild=1&keywords=%E5%85%8D%E7%96%AB%E5%AD%A6&qid=1598070058&sr=8-7
は、免疫記憶の記述についても、かなり詳しいが
エクソソームの記述は索引を見る限りありません
また、8/21(金)に販売が開始された書籍版を購入した
基礎免疫学 原著第6版 アバス-リックマン-ピレ
https://www.amazon.co.jp/%E5%9F%BA%E7%A4%8E%E5%85%8D%E7%96%AB%E5%AD%A6-%E5%8E%9F%E8%91%97%E7%AC%AC6%E7%89%88-%E3%82%A2%E3%83%90%E3%82%B9-%E3%83%AA%E3%83%83%E3%82%AF%E3%83%9E%E3%83%B3-%E3%83%94%E3%83%AC-%E5%85%8D%E7%96%AB%E7%B3%BB%E3%81%AE%E6%A9%9F%E8%83%BD%E3%81%A8%E3%81%9D%E3%81%AE%E7%95%B0%E5%B8%B8-%E6%97%A5%E6%9C%AC%E8%AA%9E%E7%89%88%E3%83%BB%E8%8B%B1%E8%AA%9E%E7%89%88/dp/4860346610/ref=sr_1_2?dchild=1&keywords=%E5%85%8D%E7%96%AB%E5%AD%A6&qid=1598070058&sr=8-2
も、共に Kindle版はまだ、ありませんが
こちらも、おそらくエクソソームとの関連性の
記述はないでしょう

つまり免疫系の研究者の射程圏内には
エクソソームというsystemは、まだ定着していないようです

早く、そうした、すべてをリンクさせた研究者が
増えて欲しいと願うばかりです

この問題の全貌が分かることは
感染症だけでなく、癌の撲滅やアレルギーという
厄介な問題を解く、唯一の道で
ひいては、生命進化の意味や、生命誕生の意味
にまでリンクした視点を提供する気もします
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