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SARS-CoV-2変異系統樹における命名自体の改訂

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OK_like-mj

なし SARS-CoV-2変異系統樹における命名自体の改訂

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前の投稿 - 次の投稿 | 親投稿 - 子投稿.1 | 投稿日時 2021/1/31 6:04 | 最終変更
OK_like-mj  常連   投稿数: 678
"Nextstrain"を、日本で絞った変異
https://nextstrain.org/ncov/asia?d=tree&f_country=Japan&l=clock&lang=ja&m=div&p=full

に登場する用語を理解するには

東南アジアにおける新型コロナウイルスの突然変異と拡散
https://covid-19chronicles.cseas.kyoto-u.ac.jp/post-041-jp-html/
が参考になりました
【引用開始】
「年次系統群(year-clade)」に基づいて命名するという点で意見が一致した
系統群AとBは、それぞれに19A、19Bと呼ばれることになった
祖先株の19B系統群は、感染規模は小さかったが
2019年12月に最初に中国で広まり、ルーツとなる19A系統群は
主に中国とその他のアジアの全域に広まった
スパイク領域に変異(D614G)が生じたのは19A系統群で
これは2020年2月のヨーロッパでの大流行の際に生じ
20A系統群を生み出した。この20A系統群が急速に大陸全土に広まり
現在の世界的流行で多数を占める系統群となった
この時から新たな系統群を指定するには
世界の罹患率のうち20%以上に達していることが条件となった
このようにして、20A系統群は2月後半に分岐し
ヨーロッパ(ベルギー、スウェーデン)では20B系統群に
北米では20C系統群となった
そのようなわけで、これまでに計5種の系統群の存在が確認されている
ネクストレインでは、この命名法を現在使用しており
また今後も使用していく見込みである
【引用終了】

つまり、今日本の変異種の大部分と言われていた
"D614G"って、正式名では19A系統群が
さらに分岐したものが
その系統のスパイク領域に生じた変異の
名前が、"D614G"ってことになりますが

最近言われている英国での変異VOC-202012/01には
https://www.niid.go.jp/niid/ja/diseases/ka/corona-virus/2019-ncov/10144-covid19-34.html
23箇所の変異があり、スパイクタンパクの変異
(deletion 69-70、deletion 144、N501Y、A570D、D614G、P681H、T716I、S982A、D1118H)
とその他の部位の変異で定義されますが
南アフリカでの 20H/501Y.V2や
ブラジルでの 20J/501Y.V3, P.1も
"Nextstrain"を、日本で絞った変異に見られますが
この図は、感染種の量的割合って訳ではなく
縦軸は、単にmutation種類だけです

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